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目的:检测广西壮族自治区先天性甲状腺功能低下(congenital hypothyroidism,CH)患者和亚临床先天性甲状腺功能低下(subclinical congenital hypothyroidism,SCH)患者PAX8、TSHR、DUOX2基因突变谱及突变率,建立其基因型与临床表型间的关系。方法:收集患者外周血样本,提取基因组DNA,应用二代测序分析PAX8、TSHR、DUOX2基因的外显子及启动子序列。对新发的变异位点在600例正常人中进行验证。结果:二代测序检测378名CH/SCH患者,共检出9名患者携带有PAX8突变位点。检出的变异位点包括2个已知突变P.R31H、P.R31C和3个新发突变p.G23V、P.R364X和P.R220X。PAX8突变绝大部分与永久性甲低(permanent congenital hypothyroidism,PCH)相关。检出10名患者携带TSHR变异位点。检测的TSHR变异位点包括5个新发的突变P.Y613C、P.A526T、P.F696C、P.G544E、P.A684D和4个已报道突变P.R450H、P.R109Q、P.V689G、P.E758K。单个TSHR杂合突变临床表现为SCH,TSHR杂合突变合并DUOX2杂合突变临床表现为CH。检出102名患者携带DUOX2变异位点。检出的变异位点包括14个新发突变p.R683L、P.L579P、P.A1 138D、c.3340delC、P.W301C、P.G1521X、c.2102-2104delGAG、c.3478-3480delCTG、p.R1084Q、P.R1334W、p.A1 323T、p.A1492H、p.A1131S、p.R82S和5个已报道突变P.A1138D、P.L579P、P.R683L、P.R842X、P.L1343F。绝大多数单个或双个DUOX2变异位点患者表现为(transient congenital hypothyroidism,TCH)或SCH,而多个(≥3)DUOX2变异位点患者多表现为PCH。结论:PAX8、TSHR、DUOX2基因在广西CH/SCH人群中的突变率分别为2.38%,2.64%和29.6%。PAX8突变绝大部分均与PCH相关,单个TSHR杂合突变表现为SCH,TSHR杂合突变合并DUOX2杂合突变导致CH,绝大多数单个或双个DUOX2变异位点患者表现为TCH或SCH,而多个DUOX2变异位点患者绝大部分表现为PCH。本研究共检出PAX8、TSHR、DUOX2基因22个新发变异位点,极大地扩大了PAX8、TSHR、DUOX2基因突变谱并为广西CH/SCH人群提供了准确的突变率估算。