《文物保护法》的颁布对于水文化遗产的保护工作，起到推动和保证作用。但是，在有些经济发达，工业、旅游开发速度较快的地区和地方，存在着贯彻不力，仍在不断地出现重要水文化遗产遭到破坏的问题。说明水文化遗产保护工作任重道远，需要认真对待。现状及存在的问题是:城市建设速度快，容不得对水文化遗产的评估论证；文化遗产保护部门的保护有空白区；水管理部门没有保护管理权限。 最近几年，水文化工作在水利系统内推开，水利部领导对水利文化遗产保护和水文化工作予以高度重视。在2009年水利部首届水文化论坛上，陈雷部长发表了重视水文化工作的重要文章，将弘扬水文化提高到水利可持续发展的战略高度。要在工作中树立科学观、文化观，还要从具体工作做起。为此，对水文化遗产保护方面，提出以下建议: (一)弘扬水文化、保护水文化遗产从水利工作者做起。建议把水利物质文化遗产和非物质文化遗产的普查，作为重点普查内容列人全国水利普查工作中。 (二)水主管部门应该介入水文化遗产的保护与管理。水主管部门应该主动介入水文化遗产的保护工作，与文物主管部门共同保护与管理，这样可能会更为有利。 (三)对于在用的水利文化遗产的保护与管理的建议。由于这些近现代代表性的水工建筑物，大多是正在发挥作用的新文化遗产，它和已失去作用的古代文化遗产相比，存在着保护方法和管理制度上的很大不同。建议由水主管部门与文物部门共同评估，按照《水法》、《防洪法》和《文物保护法》的要求共同实施保护和管理。 (四)重视河道生态治理中保护遗产和融入水文化因素。