本研究通过分离不同品种水稻(航1号，航2号，Ⅱ优航1号，Ⅱ优航2号，汕优63)茎部内生细菌和根系土壤细菌，了解它们的群落结构组成，探讨在相同栽培条件下，水稻茎部内生细菌和根系细菌群落结构间的相互关系及其与水稻品种特性，试图通过内生细菌或者根系细菌群落结构特点为指标来指示水稻品种特性，从微生态学角度上分析水稻生长特性，为水稻品种特性研究开辟新的思路，同时也为进一步研究和开发利用有益内生细菌和根系细菌资源开发新的方法，为水稻增产工作莫定研究基础。试验结果显示:内生细菌有13种，根系土壤细菌10种，总共18种。分别以水稻内生细菌和根系土壤细菌为变量，以水稻品种为样本，计算不同品种水稻内生细菌和根系土壤细菌群落多样性指数，结果表明:水稻各品种的内生细菌的丰盛度指数Shannon、均匀度Pielou高于根系土壤细菌的;除品种II优航1号外，其余水稻品种的内生细菌的优势度指数Simpson高于根系土壤细菌。以内生细菌和根系土壤细菌为变量，以水稻为样本，构建数据矩阵，对内生细菌和根系土壤细菌群落结构进行典型相关分析得到，典型相关系数有4个，分别为:R1=0.9446, R2=0.9199, R3=0.8643, R4=0.7840，当R=0.9447时，内生细菌和根系土壤细菌呈最高典型相关，表明水稻内生细菌和根系土人细菌群落结构上存在相关性。同时以各品种水稻内生细菌与根系土壤细菌的含量和水稻的生物学特性参数(穗粒数，结实率，千粒重，有效穗和理论亩产)为指标进行相关分析得到:内生细菌和根系土壤细菌的含量与穗粒数，结实率，千粒重，理论亩产存在极显著正相关，而与水稻有效穗呈负相关。