论文部分内容阅读
壳色多态性在海产经济贝类中普遍存在,贝类美观的壳色不仅会给消费者带来视觉享受,还能显著提高商品的价值,贝类的壳色性状受遗传与环境的双重作用影响。虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)野生群体中包括褐色、橘红色、白色等壳色,较为常见的壳色为褐色。课题组与獐子岛集团股份有限公司经过6代选育培育出的"獐子岛红"虾夷扇贝新品种生长快速,壳色为橘红色,并能稳定遗传。为了研究"獐子岛红"橘红壳色的遗传规律,进行了橘红色壳"獐子岛红"与普通褐色壳虾夷扇贝正反交及自交实验,经过费舍尔精确检验(Fisher’s Exact Test),正反交实验均呈现1:1的性状分离,橘红壳色虾夷扇贝自交实验呈现3:1分离,说明虾夷扇贝橘红色壳与褐色壳属于一对相对性状,其遗传方式符合孟德尔遗传,橘红色为显性性状,褐色为隐性性状。为了进一步研究橘红壳色的遗传基础,利用2b-RAD技术对"獐子岛红"与普通褐色壳虾夷扇贝各33个个体进行建库测序,开展橘红壳色性状的GWAS分析。测序共获得387,313,925条reads,每个个体平均测序reads为5,868,393条。将原始数据进行质量过滤后,得到高质量reads 322,332,684条,占测序原始reads数目的83.22%。对每个个体获得的高质量reads利用SOAP软件mapping到虾夷扇贝基因组序列上,获得可用于分型的unique标签数目及深度,66个体获得的平均unique标签数为290,042条,平均测序深度为15.67。利用全基因组关联分析筛查到3个在"獐子岛红"和普通虾夷扇贝间基因型频率差异显著的SNP位点,这些差异显著的位点位于虾夷扇贝第11号染色体上。利用虾夷扇贝全基因组序列,对这些差异标签进行基因注释,获得上述SNP附近的基因序列,对这些基因进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路定位,定位到脂类代谢、信号传导、免疫相关通路。"獐子岛红"虾夷扇贝壳色为橘红色,可能是由于贝壳中积累类胡萝卜素引起的,而在上述候选区段的发现的一种低密度脂蛋白受体(Low-density lipoprotein receptor,LDLR)基因是参与类胡萝卜素的转运与积累过程的重要基因,LDLR基因可能从分子水平调控扇贝壳色的变化,对该基因进行进一步的功能分析将有助于解析虾夷扇贝壳色变异的分子机制。