双歧杆菌是人类肠道中含量最多的菌群之一,可达到10-100亿个/克,对宿主的代谢与健康起关键作用,同时也是益生菌产品最常用的菌株之一。长双歧杆菌是在人体最广泛存在的一种双歧杆菌,在各个年龄段人群中都有发现。但实际应用中,在分类上属于同一个种的多株菌株,虽然16S rDNA序列高度相似,它们在全基因组序列及代谢功能和特点方面仍可能存在很大的差异。本研究从人体肠道分离出577株双歧杆菌,按目前常用的以16S rDNA序列为基础的分类方法,将其中345株被鉴定为长双歧杆菌。采用多位点序列分型(MLST)方法对这些菌株做进一步分析,结果345株长双歧杆菌被归类为35个菌株型,不同菌株型之间在7个管家基因序列水平上存在一定差异的。以上述各菌株型的代表菌株为基础,采用随机引物扩增多态性(RAPD)技术发现不同菌株型在全基因组水平的序列差异,根据20条随机引物对各型代表菌株的RAPD指纹图谱比对,找到了其中5株菌的特异性条带,经克隆测序,得到其特异性片段序列,在此基础上设计菌株特异性引物并验证其可行性,从而建立了其中3株长双歧杆菌的菌株特异性鉴定技术。与此同时,本研究结合实时定量PCR方法,建立了可针对复杂样本的菌株特异性、快速定量检测技术。