针叶树种主要的深色有隔内生真菌(DSE)种类是子囊菌(Ascomycetes)中的Phialocephala fortinii s.l.—Acephala applanata species complex (PAC)类群集合,部分菌株可以在宿主根系定殖,促进宿主植物生长,提高植物抗逆性,并有效抑制土传病害的发生。为研究樟子松根际深色有隔内生真菌的多样性及筛选病原菌生防菌株,2017年5月-8月,分别对辽宁省章古台(Z)、大兴安岭呼中自然保护区(H)、加格达奇樟子松种子园(J)、哈尔滨阿城(A)采集樟子松根部样品,分离215株真菌,基于形态学和rDNA-ITS序列的系统发育分析鉴定了深色有隔内生真菌包括Phialocephala bamuru、P. fortinii、P. helvetica、Paraphoma radicina、P. chrysanthemicola、Cadophora sp、C. orchidicola、Phialophora mustea等,其中Phialocephala属真菌占75%以上,呼中、加格达奇和阿城樟子松根际DSE菌株的分离率较高。通过对峙培养和发酵液乙酸乙酯提取物抑菌实验筛选,菌株A083和A024对立枯丝核菌有明显的的抑制作用,A083发酵液乙酸乙酯提取物对病原菌的抑制率最高为54.12%,对峙培养中菌株A024与病原菌之间的相对抑制效果为5.84,立枯丝核菌与DSE菌株之间形成明显的抑菌带。扫描电镜观察,菌丝互作后,DSE菌株可对丝核菌菌丝形成缠绕和覆盖,抑制了病原菌菌丝的生长。高效生防菌株的获得为进一步研究其提高樟子松抗病性的生理及分子机制打下良好基础。