长江口是我国第一大河口，也是多功能的水域，生物多样性丰度高，渔业资源丰富，是许多经济水生生物的产卵场、栖息地和洄游通道。然而由于环境污染、过渡捕捞和各项大型工程影响而导致了水生生态系统恶化，目前正趋于全面退化之中。本文将国外生态修复理念应用于长江口区生态修复之中，提出了长江河口区生态修复和重建的目的和原则、基本目标、基本原则和需要采取的有效措施。并提出受损河口生态系统的修复必须要考虑河口的演替过程，提出了长江河口区生态修复的关键是优化河口生态系统物种组成，恢复其生态功能。本文扼要回顾了自2001-2004年长江口区生态修复过程和结果。 为长江口珍稀动物和经济水产生物的种群数量增多，物种生物多样性增大和长江口水质的改善及富营养化的防治，作出良好的示范，开创了在长江口利用航道工程的建设项目开展水生生态系统修复和防治水质污染的良好范例。