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为了解国家甘蔗种质资源圃保存种质资源甘蔗花叶病的自然发生情况及其致病病原,明确其对花叶病的自然抗性,利用抗性种质资源选育抗病品种提供依据和抗源材料。本研究于2014-2015年,用5级分级调查法(1级发病率0.00%、免疫,2级发病率0.01%~10.00%、高抗,3级发病率10.01%~33.00%、中抗,4级发病率33.01%~66.00%、感病,5级发病率66.01%~100%、高感),对国家甘蔗种质资源圃种植保存的1 143份甘蔗种质资源甘蔗花叶病的自然发生情况进行了系统调查,并利用RT-PCR检测方法对其中的311份带症种质资源样品致病病原进行检测。结果表明:1143份甘蔗种质资源中,500份未发现感染甘蔗花叶病,占43.74%;643份不同程度感染甘蔗花叶病,占56.26%,其中表现4~5级严重感染的有262份,占22.92%,2~3级感病的有381份,占33.33%。311份带症样品中检测到3种病毒:甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)、高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus,SrMV)和甘蔗线条花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV),并存在2种或3种病毒复合侵染现象。其中155份样品检测到SCSMV、阳性检出率49.83%;134份样品检测到SrMV、阳性检出率43.09%;16份样品检测到SCMV、阳性检出率5.14%。国内引进种质感染甘蔗花叶病种质数达60.52%,国外引进种质感染甘蔗花叶病种质数达41.74%。研究结果明确了国家甘蔗种质资源圃保存种质资源对甘蔗花叶病的自然抗性,初步筛选出500份对甘蔗花叶病自然免疫种质资源;揭示了引起国家甘蔗种质资源圃种质资源甘蔗花叶病致病病原有SCMV、SrMV和SCSMV 3种,SCSMV为最主要病原(扩展蔓延十分迅速、致病性强),SrMV为次要病原,且存在2种病毒复合侵染。