目的随着转基因植物广泛种植,其产生的非预期效应和对土壤微生物群落的影响尚未可知。而真菌对维持转基因棉种植土壤的质量和健康程度起着至关重要的作用,转基因抗虫棉抗病性下降使得转基因棉相关的真菌群落多样性研究显得尤为必要。方法本文采用454高通量测序技术,研究转基因棉10年种植地(TC-10)、转基因棉15年种植地(TC-15)土壤样本中真菌群落结构组成,并以非转基因棉种植地土壤样本为对照(CC)。为获得更多真菌分类群,扩增区域选择18S和ITS2rDNA。结果系统发育水平上转基因棉种植地真菌群落组成和对照非转基因棉真菌群落组成有所区别,主成份分析结果也表明转基因棉真菌结构组成和对照有所差异,同时发现了在不同土壤样本类型中具有一定趋势变化的指示物种。结论阐明真菌群落组成现状为进一步研究转基因作物产生的非预期效应奠定了良好的基础。