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自然发酵牦牛乳是西藏地区的传统发酵乳制品,其中含有丰富的微生物群落.本研究通过高通量454 焦磷酸测序的方法对采集自西藏宁中与格达乡的16 份传统发酵牦牛乳样品进行微生物多样性分析.焦磷酸测序共得到了112,173 条高质量的细菌16S rRNA 序列和90,980 条真菌16S rRNA 序列.分析显示这些基因序列分属于11 个细菌门和5 个真菌门,其中厚壁菌门(Firmicutes)和子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门.在属的水平上,细菌的优势菌属为乳杆菌属(Lactobacillus),真菌的优势菌属为酵母属(Saccharomyces).基于UniFrac 的加权和非加权的主坐标分析(weighted and unweighted UniFrac principal coordinateanalysis)表明2 个地区样品中细菌和真菌的微生物群落结构没有显著差异.然而,基于UniFrac 非加权的多元方差分析(multivariate analysis of variance,MANOVA)表明格达乡样品细菌和真菌的数量与宁中乡的样品差异显著(P ＜ 0.05).通过冗余分析(redundancy analysis,RDA),对49 个关键OTU(operationaltaxonomic unit)进行了鉴定.其中格达乡样品有7 个关键菌属为放线杆菌属(Acinetobacter)、未能鉴定到属的拟杆菌门(Unidentified Bacteroidetes)、乳杆菌属(Lactobacillus)、未能鉴定到属的变形菌门(UnidentifiedProteobacteria)、(Streptococcus)、泛生菌属(Pantoea)、未能鉴定到属的厚壁菌门(UnidentifiedFirmicutes).宁中乡的样品中41 个OTU 属于18 个关键菌属,主要包括马赛菌属(Massilia)、丙酸菌属(Propionibacterium)、乳球菌属(Lactococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)肠球菌(Enterococcus).此论文的研究结果表明微生物群落结构的不同与地理位置相关,此结果可为西藏传统发酵牦牛乳中微生物群落定向调控和牦牛乳品质改良提供借鉴.