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吉林西部河湖连通工程对改善区域生态环境具有重要作用。在工程建设的同时,必须注意河湖连通前的环境背景和连通后的生态响应,解决诸如水化学环境变化、"死湖"生态恢复、候鸟栖息地保护、本底污染物的扩散与积累、地质"天窗"的影响与利用、农村及农业面源污染扩散、亚硝酸盐污染、深层污染地下水跃层影响、石油类污染、地下水系对湖泡水质水量影响、盐碱土地碳汇调控、"杀人渠道"、鸟类排泄物污染等问题,注重采用创新理念和创新技术,着重实效,统筹规划,科学实施。