目的：分析两所不同地区三甲综合医院分离的医院感染念珠菌的菌种分布、临床特点以及耐药情况.方法：收集发生念珠菌感染住院患者的临床资料、标本.念珠菌显色培养基、ATB-ID 32C酵母鉴定试剂条以及26S rDNA区扩增测序鉴定念珠菌菌种；ATB FUNGUS药敏试剂条测定药物敏感性.结果：共收集医院感染念珠菌标本396份，主要为白念珠菌(川北医附院/华西医院：68.1％/70.2％)、热带念珠菌(14.9％/9.0％)、光滑念珠菌(5.7％/12.2％)、克柔念珠菌(3.4％/2.4％)、近平滑念珠菌(2.1％/1.6％).高发科室主要在ICU、感染科、呼吸科及普外科.感染部位以下呼吸道最常见.对两性霉素B的敏感性最高，而对氟康唑有不同程度的耐药.结论：应重视念珠菌耐药的检测、菌种培养鉴定及药敏试验，合理应用抗生素，降低院内念珠菌感染率及耐药株产生。