盐和干旱胁迫是影响植物生长发育的主要非生物胁迫因素.microRNA(miRNA)是植物内源产生的21～25 nt的非编码RNA,在转录后水平通过降解靶基因或抑制翻译的方式参与植物新陈代谢、组织生长、器官发育及分化、细胞生长分化以及细胞凋亡等生命活动,并能通过调节靶基因的表达水平来响应胁迫环境.在番茄中,目前已鉴定出110条成熟的miRNAs,但不同抗性番茄在响应干旱和盐胁迫中miRNA的作用尚待探讨.本研究中通过比较不同抗逆基因型番茄miRNAs对模拟干旱和盐胁迫的响应,将有助于了解miRNAs在植物响应干旱和盐胁迫的作用、阐明番茄抗逆的分子基础.以抗性较强的野生种醋栗番茄L03708和抗性较弱的栽培种番茄M82幼苗为材料,分析150 mmol·L-1 NaCl和200 g·L-1PEG-8000模拟干旱胁迫12 h后根部miRNA水平的变化.为发掘番茄中miRNA的靶基因,对每个番茄种3组处理样品混合构建了两个降解组文库,并进行了测序.结果显示,共检测出213条已知的miRNA,属于87个miRNA或其衍生体；检测出826条保守的miRNA,属于634个miRNA或者其衍生体；还检测出247个新的miRNA.盐胁迫处理下M82有85个miRNA差异表达,L03708有31个miRNA差异表达,有4个miRNA在两个番茄种中都有响应,有81个只在M82中差异表达,有27个只在L03708中差异表达.模拟干旱胁迫下,M82有36个miRNA差异表达,L03708有5个miRNA差异表达,有1个miRNA在两个番茄种中都有响应,有35个只在M82中差异表达,有4个只在L03708中差异表达.在盐胁迫和模拟干旱下,与胁迫相关的miR156、miR159、miR164、miR166、miR172、miR394出现差异表达,还检测出sly-miR5300、sly-miR1919、osa-miR5083、sly-miR9470等对盐或干旱胁迫响应的miRNA.通过对差异基因的靶基因预测和GO富集分析,发现靶基因包括转录因子、活性氧清除酶、激素调节基因等；GO富集分析显示,在分子功能方面两种基因型番茄在不同胁迫下出现差异,模拟干旱下M82表现出更高的转录因子活性,L03708的分子活性和信号传导活性更强；在盐胁迫下,M82表现出更强的分子活性和信号转导活性,说明两种番茄在信号转导和转录调节方面存在不同的机制应对胁迫.miRNA表达的差异可能是两种番茄表现不同抗性的原因之一.降解组测序结果显示,M82降解组库中有379条miRNA检测到靶基因,L03708降解组库中有301条miRNA检测到靶基因,其中有267条miRNA在两个库中都检测到了靶基因,这将有利于进一步揭示miRNA的功能.