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由于河流沉积物连续性和沉积相稳定性较湖泊沉积复杂多变，且河流冲积物中的孢粉通常代表的是整个流域的植被孢粉混合体，受水动力作用、流域范围变化、流域途经不同植被类型等因素影响，在河流的纵向(上游、中游、下游、三角洲)、横向(河槽、漫滩、牛轭湖、自然堤、河间带等)不同位置上沉积物孢粉组合及浓度存在明显差异，增加了运用孢粉恢复古植被与古环境的难度和不确定性。