双岐杆菌属是高G+C含量、无芽孢、无运动性、无鞭毛、革兰氏阳性厌氧细菌的总称。近些年来，随着测序技术的不断演进，关于双岐杆菌分类和进化的问题正逐步发展成为该领域的研究热点。但由于学者往往更加关注与工业生产密切相关的物种，现今发布的基因组大多归属于长双岐杆菌、动物双岐杆菌、短双岐杆菌等8个种，仅占双岐杆菌属的17％。这在一定程度上，影响了学界对不同物种分类学地位的确立及其进化过程的科学探索。本研究以46株双岐杆菌模式菌株为研究对象，对其进行了测序并进行了发育基因组学分析。研究结果显示：1)双岐杆菌属不同物种间16S rRNA因为存在大量的重组现象，会严重影响我们对真实系统发育关系的辨识。相反，基于核心基因构建的系统发育树具有很高的分辨率。进一步结合其他基因组尺度的分类学方法如平均核酸相似性，可以更好的确立物种间的分类学地位；2)双岐杆菌属诞生之初，可能出现在一个有氧存在的环境中。该属不同物种在漫长的进化过程中伴有大量的生态位迁移现象并形成了各自生境特异性的基因集合。