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口腔微生态系统是人体最为复杂的生态系统之一，由人体口腔及定植于其中的微生物共同构成。作为口腔微生态系统的主要组成部分，口腔微生物不仅是常见口腔疾病如龋病、牙周病的始动因子，同时也是全身系统性疾病如风湿病、心血管疾病、糖尿病、早产及低出生体重儿的危险因子，因而一直是人体微生物研究的重点和热点。采用高通量、非培养依赖性的宏基因组学技术，从微生物群落整体出发，全面了解微生物群落结构及功能结构、发掘新微生物资源、揭示微生物与疾病之间关系，是当前研究微生物与疾病之间的关系的热点和趋势。本部分主要介绍口腔微生态宏基因组学研究进展，具体包括口腔微生态宏基因组组成、群落结构多样性研究方法及基于这些方法开展起来的最新研究成果。