真菌感染在免疫受损宿主如艾滋病、器官移植、肿瘤和重症监护患者人群中的明显增加已引起各界的关注.念珠菌已成为血行感染的第四位病原菌；骨髓移植受者中侵袭性曲霉病的病死率高达70-90％；艾滋病患者病程中发生真菌感染的可能性为90％,是其主要的死亡原因之一；在未来的一个时期,预计我国真菌感染的发生仍然会处于上升趋势,引起真菌感染的新型病原菌还将不断出现,给临床正确诊断和治疗带来很大困难,医学真菌学面临着机遇和挑战。我国广大医学的真菌学工作者能及时抓住机遇,针对我国现状并密切跟踪国际上发展动态开展有特色的工作,不断取得新的成就和进展。本文对真菌分类鉴定和系统发育研究的传统方法主要依赖的表型特征进行了介绍，分析了基因分型技术，探讨了致病真菌的诊断方法，并提出未来的展望。