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以寄生疫霉菌为代表的卵菌是一类在进化上与藻类相近的真核植物病原菌,造成严重的农业生产损失和生态环境破坏.小RNA是真核细胞普遍存在的一类基因表达调控因子,在植物与微生物互作过程中扮演着重要角色.我们以拟南芥与寄生疫霉菌为模式,利用新一代测序技术对寄生疫霉菌侵染的拟南芥,包括休止孢萌发阶段,吸器产生阶段以及大量吸器形成阶段在内的3个代表性的侵染材料进行小RNA测序,并以接无菌水的植物根部为对照,系统鉴定拟南芥根部在寄生疫霉菌侵染时的小RNA表达情况.每个阶段样品获得约10 000 000条reads,其中有近70％的reads能完美匹配到拟南芥基因组上.数据分析表明拟南芥基因组编码大量的小RNA,并且参与拟南芥寄生疫霉菌互作,不同类别的小RNA在不同的侵染阶段作用可能不同.通过计算分析,我们共鉴定到在寄生疫霉菌侵染拟南芥的不同侵染阶段表达有差异的212个已知的和40个全新的microRNAs.