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活跃的根际微生物(rhizosphere microbiome)被誉为植物的第二套基因组，在植物生长和发展过程中发挥着关键的作用。植物通过根际碳沉积(rhizodeposition)影响根际微生物的结构和功能；作为根际微生态系统中的物质流、能量流和信息流，根际碳沉积是连接大气、植物和土壤系统物质循环的重要纽带。因此，理解根际碳沉积在根际微生态中的作用机制对于提高植物抗逆性，增加作物产量，调控根际养分循环等方面具有重大的理论意义。本文就近年来关于根际微生物领域的研究成果，重点综述根际微生物的群落结构和形成机理，碳沉积的组成和产生部位，植物-微生物的互作关系，以及环境变化对根际微生物结构和功能的影响。讨论了宿主植物对根际微生物的选择机制以及最新的根际微生物研究方法。在此基础上我们提出了未来的研究领域和方向，希望通过平衡作物与微生物之间的相互作用关系来实现农业的可持续发展。