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紫色辣椒是辣椒中稀有的种质资源,其商品成熟期果实因富含花色素而呈现出紫色,其植株具有耐热、耐寒、耐旱以及抗病的特点。前期利用绿色辣椒品系246为母本,紫色辣椒品系245为父本,构建了6世代遗传群体,明确辣椒成熟期果皮紫色的遗传规律属于细胞核遗传,符合一对加性主基因+加性–显性混合多基因模型。在此基础上,挖掘定位控制紫色辣椒果皮颜色的基因,有助于解析果实颜色形成的分子基础,为辣椒果实性状的改良提供指导。辣椒果实成熟期,从246×245的F2代分离群体中选取果皮颜色为紫色和绿色的两个极端性状的植株各30株,提取DNA并等量混合,构建2个极端池。样品检测合格后,用超声破碎的方法将DNA随机打断成350 bp的片段,DNA片段经末端修复、3′端加A、加测序接头、纯化、PCR扩增,建库质检后通过Illumina HiSeq进行测序。原始数据经质控后,与公布的‘遵辣’参考基因组比对,随后进行SNP和Indel检测与注释,过滤后的SNP和Indel分析采用ED关联算法、SNP-index和Indel-index法,将二者的关联区域取交集确定候选区域,最后对候选区域内的基因进行功能注释。测序共获得278.21 Gb数据量,过滤后得到的Clean Bases为275.58 Gb,Q30达到80%。样品与参考基因组平均比对效率为98.61%,平均覆盖深度为22.25×,基因组覆盖度为98.17%。亲本之间共获得8 713 504个SNP,其中非同义突变的SNP共27 693个;混池之间共获得1 270 467个SNP,引起非同义突变的SNP共3 539个;亲本之间共获得837 425个Small Indel;混池之间共获得180 338个SmallInDel。对SNP和InDel关联区域取交集,共得25个与性状相关的候选区域,且均在辣椒的10号染色体上,总长度为49.86 Mb。关联区域内共注释到基因288个,其中非同义突变基因121个,移码突变基因28个,基因注释表明这149个基因中有23个基因参与花青素合成代谢或者与果实颜色调控相关。下一步将对候选区域开发标记,缩小定位区间,获得候选基因,并进行功能验证。