DNA甲基化(主要为5-~mC的甲基化)是表观遗传学研究的重要内容之一,是一种与基因的转录和表达具有密切联系的DNA修饰,广泛存在于原核生物、真核生物中。随着棉花基因组(A组、D组和AD组)的测序完成,为分析全基因DNA甲基化分布和调控机制提供了参考数据。但是陆地棉在盐胁迫下全基因DNA甲基化的变异情况以及发生变异的位点尚不清楚。本研究采用耐盐材料中9807,采用0.4%(质量分数)的NaCl胁迫,用MeDIP-seq(DNA甲基化免疫共沉淀测序)技术来分析叶片的甲基化特征变化。结果发现,甲基化片段在不同染色体上的分布差异明显,其中第9条染色体上最多,但是在NaCl胁迫前后,第8条染色体的DNA甲基化变化最大,推测该条染色体上可能存在着较多的与盐胁迫相关的基因或者甲基化调控位点。差异甲基化区域(DMRs)分析发现,基因元件upstream 2k、downstream 2k和CG-Island发生了去甲基化现象,而CDS区域却发生重新甲基化。GO分析(Gene Ontology)发现,差异甲基化基因主要分布在细胞过程(Cellular process)、代谢途径(Metabolic process)和一些催化活动(Catalytic activity)相关的基因表达等。本研究提供第1个相对精确的DNA甲基化图谱和相关DNA甲基化差异区域,为进一步研究盐胁迫下的DNA甲基化调控机制提供了重要依据。