甜菜(Beta vulgaris)是目前世界上主要的糖料和能源作物之一,具有较强的耐盐碱能力,在我国北方的农业生产中具有重要地位。病毒病是当前制约甜菜产业发展的一个重要的因素。目前常规的病毒病的诊断技术包括电子显微镜观察、鉴别寄主接种、血清学和分子生物学检测等,但常规方法对那些未知的病毒或者含量较低的病毒很容易造成漏检。近几年发展的第二代测序技术(next generation sequencing,NGS)是一种能一次对几十万到几百万的DNA分子进行序列测定的高通量的测序技术,因此又被称为深度测序(deep sequencing)。本研究利用深度测序的方法对我国北方甜菜样品进行检测,明确甜菜上病毒发生的种类和优势群体,同时试图发现之前用ELISA和RTPCR所未能鉴定出的新病毒。