利用引物SecAfor1/SecArev3和AYsecYF1/AYsecYR1对山东省泰安、宁阳和新泰3个地区桑萎缩植原体进行了secA、secY基因的PCR扩增,并进行了序列测定及分析,结果表明secA基因序列长836bp,编码270个氨基酸,3个地区桑萎缩植原体secA基因的同源性为99.5%～99.9%。与GenBank中已登陆的各组代表植原体的secA基因进行比对并构建系统进化树,桑萎缩植原体与翠菊黄化组B亚组成员亲缘关系最近,与基于16S rRNA基因分析的结果一致,进一步说明山东桑萎缩植原体属于16SrI-B亚组。secY基因分析表明,该特异片段长1421bp,利用得到的序列与已报道的secYI组各亚组的基因构建系统进化树,发现桑萎缩植原体与secYI-B、secYI-L、secYI-D3个亚组的成员处于同一分支上,不能确定其亚组分类地位,利用pDRAW32软件进行AluI等9种酶限制性内切酶的模拟RFLP分析,与secYI-B、secYI-L亚组成员相似性最高,且序列同源性分析发现与secYI-B亚组成员同源性更高些,因此将其划分为secYI-B亚组。