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根结线虫(Meloidogyne spp.)是植物病原线虫中种类最多、分布最广、为害最严重的一类线虫,本研究以象耳豆根结线虫(M.enterolobii)与番茄(Lycopersicon esculentum)的互作为研究对象,通过转录组测序技术分析侵染根结线虫的番茄地下部、侵染根结线虫的番茄地上部、未侵染根结线虫的番茄地下部.经过数据过滤处理后共得到的总碱基数为24.32 Gb.其中侵染根结线虫的番茄地下部的序列条数为102 473 560,与番茄参考基因组的比对效率为52.30％；侵染根结线虫的番茄地上部的序列条数为46 585 114,与参考基因组的比对效率为88.07％；未侵染根结线虫的番茄地下部的序列条数为44 029 794,与参考基因组的比对效率为87.22％.侵染根结线虫的番茄地下部的外显子跳跃数目为1 755,内含子保留数目为3 223,5'端可变剪接数目为698,3'端可变剪接数目为1 257,最后一个外显子可变剪接数目为507,第一个外显子可变剪接数目为1 144.与所选的参考基因组序列的注释信息进行比较,共发掘608个新基因.将发掘的新基因与NR,Swiss-Prot,GO,COG,KEGG数据库进行序列比对.其中,比对到NR数据库上的新基因数目为430个,Swiss-Prot数据库上的为217个,GO数据库上的为212个,COG数据库上的为67个,KEEG数据库上的为50个.侵染根结线虫的番茄地下部与侵染根结线虫的番茄地上部进行比较,得到的差异表达基因数目为5 739个,其中上调表达的为2 496个,下调表达的为3 243个.侵染根结线虫的番茄地下部与未侵染根结线虫的番茄地下部进行比较分析,得到的差异基因数目为1 554个,上调表达的为744个,下调表达的为810个.将侵染根结线虫的番茄地下部、侵染根结线虫番茄地上部和未侵染根结线虫番茄地下部3个测序数据对比,得到只在侵染根结线虫地下部差异表达的基因36个,且全部为上调基因.