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目的:分析膀胱尿路上皮癌基因组中DNA区段的拷贝数变化,筛选出膀胱癌中拷贝数异常变化的特征性DNA区段,为临床膀胱癌的诊断、复发监测及预后判断提供分子标志物。方法:利用微阵列比较基因组杂交技术(array-CGH技术)对65例行根治性全膀胱切除手术患者的新鲜冻存肿瘤组织基因组DNA样本进行检测,经生物信息学分析,筛选出11个在肿瘤组织基因组中呈高频率拷贝数变化的DNA区段。随后利用Realtime PCR技术对这11个区段在膀胱癌组织中的DNA拷贝数变化进行分析:选择array-CGH分析中无拷贝数改变的2个区段Frag-con1(6q27,TBP)和Frag-con2(3q13.33,TMEM39A)为内参,以30例健康志愿者外周血白细胞基因组DNA为对照。首先,在已完成array-CGH分析的65例肿瘤组织样本中对上述11个区段拷贝数异常改变进行Realtime PCR核查。继而,针对核实的DNA区段,进一步在两组独立样本中分别对其拷贝数改变进行检测验证。这两组膀胱癌组织样品包括:103例膀胱癌新鲜冻存组织、62例行开放性切除手术的甲醛固定石蜡包埋肿瘤组织,经统计分析后,确定在膀胱癌组织中存在拷贝数异常改变的DNA区段。结果:从array-CGH分析数据中共筛选出11个在膀胱癌组织中存在高频率拷贝数改变的候选DNA区段,其中Frag-1(6p21.31,49/65)、Frag-2(3q22.2,44/65)、Frag-3(5p13-p12,43/65)、Frag-4(11p15.3,43/65)、Frag-5(1q22,39/65)和Frag-6(2p23.3,37/65)是高频扩增区段;Frag-7(19q13.4,49/65)、Frag-8(2q33,46/65)、Frag-9(12q24.33,45/65)、Frag-10(17q21.31,41/65)和Frag-11(6pter-22.3,40/65)为高频缺失区段。与健康志愿者白细胞相比,上述11个候选DNA区段在完成了array-CGH分析的膀胱癌组织样本中共有5个区段的拷贝数改变被Realtime PCR检测核实,包括Frag-2(p=0.000)、Frag-3(p=0.047)、Frag-5(p=0.022)和Frag-6(p=0.041)拷贝数扩增,以及Frag-11(p=0.005)拷贝数缺失。与正常对照相比,两组独立样本中Frag-2、Frag-3、Frag-5、Frag-6(p=0.041)的拷贝数是显著扩增的,Frag-11的拷贝数是显著缺失的,和从起始样本中得到的结果是一致的。结论:本项研究首次发现了5个在膀胱癌基因组中存在高频率拷贝数改变的区域(3q22.2、5p13-p12、1q22、2p23.3、6pter-22.3),Frag-2、Frag-3、Frag-5、Frag-6的拷贝数扩增以及Frag-11的拷贝数缺失是膀胱癌特征性的遗传学改变。在该5个区段的基因可能在膀胱癌的发生发展过程中发挥重要作用,并有可能成为膀胱癌诊断、复发监测的分子标志物。