【摘 要】
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当前镇痛药开发的主要任务之一是筛选强效、非成瘾的吗啡替代物。其成功与否取决于能否筛选出合适的镇痛药靶。药靶筛选可以通过一系列诸如转录组、蛋白质组以及文献组等层次上的高通量手段来实现。在文献组学层次上,镇痛药靶存在于以疼痛为主题的文献集合中。由于对基因名进行款目识别等过程时会产生“噪音”干扰,人们无法从中成功地选出镇痛药靶。为解决此类问题,本研究首先统计人类基因(蛋白)在每篇文献中的同现次数,并据此
【机 构】
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南京农业大学生命科学学院,南京,210095;南京沿溯生物工程有限公司,南京, 210095 南京
【出 处】
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2007两岸三地博士生NBIC学术论坛
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当前镇痛药开发的主要任务之一是筛选强效、非成瘾的吗啡替代物。其成功与否取决于能否筛选出合适的镇痛药靶。药靶筛选可以通过一系列诸如转录组、蛋白质组以及文献组等层次上的高通量手段来实现。在文献组学层次上,镇痛药靶存在于以疼痛为主题的文献集合中。由于对基因名进行款目识别等过程时会产生“噪音”干扰,人们无法从中成功地选出镇痛药靶。为解决此类问题,本研究首先统计人类基因(蛋白)在每篇文献中的同现次数,并据此构建了具有生物学意义的基因同现网络。在此网络的基础上,开发了继承自Google PageRank算法的类PageRank算法,每个基因的经此算法计算出的rank值可用于其药靶能性进行评估。该算法的设计思想是,越多地连接到药靶能性强基因,其自身的药靶能性也得以提高。该算法对已知的镇痛药靶能够良好地召回,且能从文献组中预测潜在的镇痛药靶。因此,有望作为其他高通量的手段的补充,进而应用在其他药靶的挖掘中去。同时,该算法也有望在疾病分子诊断和预后标志基因的筛选中取得应用。
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