食品安全相关法律法规规章众多，在处理具体案件时，同一法律事实会与多部法律相关联，必须处理好上位法与下位法、特别法与一般法、新法与旧法、重法与轻法、具体的法与原则的法的关系。法律位阶制度适用于合法的法律冲突，不适用于违法冲突，也不适用于成文法与不成文法之间。在具体适用时，如下位法不抵触上位法则下位法优先适用。在一般法与特别法的识别上，行政执法机构应当审慎，根据具体的情形、工作的性质目标来进行判断。国外通行的做法是旧的特别法优于新的一般法，我国的裁判制度影响了效率。对法条竞合不能适用“重法优于轻法”原则，对于想象竞合应“择一重处断”，操作方法采用“先比后定法”。同种处罚的轻重，拘留按照最长期限来判断，罚款按照最高罚款额度来判断。最终的处罚决定不得低于轻法规定的最短拘留期限或者最低罚款额度。