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经济的高速发展，导致水污染日趋严重，进行水体污染的控制和治理已经迫在眉睫。由于水体污染多呈现面源特征，缺乏对粪便污染来源情况的准确掌握和定位使得治理工作困难重重。近年来欧美等发达国家纷纷开展了利用微生物进行水体污染溯源的研究工作，并取得了积极的进展。微生物溯源是指通过比较污染样品与可能的污染源中的粪便污染指示微生物的差异或其生物标记的有无来判断可能污染样品和污染源之间存在的联系，从而确定污染来源的方法。微生物溯源分为分离培养微生物溯源和非培养微生物溯源。大肠杆菌是培养微生物溯源中理想的指示微生物。