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科克萨依金矿是新疆北部一个具有中大型远景的金矿床，其产出受布尔根韧性剪切带中的次级韧－脆性剪切带控制，主要矿化类型为蚀变糜棱岩型及含金石英脉２种，属剪切带型中低温热液金矿。矿区岩、矿石稀土元素地球化学特征及铅、硫同位素分析表明，成矿物质主要来自深部岩浆，围岩也提供了成矿物质。氢氧同位素资料表明，成矿溶液为大气降水、岩浆水和变质水的多源混合水，成矿温度为１２１￣２６１°Ｃ。