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提出一种基于MSER仿射不变区域特征的自动配准算法。算法首先在高斯多尺度空间上检测MSER区域，再利用仿射椭圆对MSER区域进行拟合，其次基于SIFT描述符对拟合区域进行描述匹配，获得大量的初始匹配点集，接着采用RANSAC方法剔除外点，进一步进行最小二乘精匹配，良好的初始值可由已知椭圆的长短半轴及椭圆方向角导出。以最终的匹配结果作为配准控制点建立透视变换模型。最后选取四组有代表性的立体影像应用到试验中，证明提出的算法对发生旋转、缩放以及视角变化的影像的配准具有鲁棒性，同时可达到亚像素配准精度。