报春苣苔属植物株型低矮而紧凑、花朵硕大而独特、花序繁多且集中直立、花色艳丽且变异丰富,符合对"新"、"优"、"奇"、"稀"等审美追求,是极为理想的野生观赏花卉。由于传统叶绿体DNA区段的分辨度较低,目前该属多个物种的系统发育关系尚不清楚。得益于二代测序技术的快速发展,叶绿体基因组的获取变得相当便利。如何更为有效地挖掘高变异区段以进行系统发育及群体遗传研究成为全新挑战,迫切需求相应策略。本研究以报春苣苔属植物为材料,率先搭建了该属3个完整的叶绿体基因组并进行结构注释,继而提出了两种高变异区段挖掘的新策略。策略一命名为Con Sea:基于多物种叶绿体基因组的联配结果,找出真正的保守区(Con Island)和变异区(Con Sea),并开发新的叶绿体标记。进一步比较了其中8对新引物及4对传统引物在49个报春苣苔属物种中的多态性情况。策略二简称SACRing:直接从RD-Seq数据中分离并组装出简化叶绿体基因组,并基于各样本叶绿体基因组的共有区段,进行群体遗传或系统发育研究。进一步通过同域分布的3个自然居群的21个个体的RAD真实数据测试了该方法的可行性。结合生物信息分析及试验证据,发现基于策略一Con Sea区域开发的叶绿体新标记的多态性程度高于传统的基于非编码区开发的标记。而基于策略二组装的21个个体的简化叶绿体基因组Contig片段长度约占完整基因组的一半,变异位点可有效区分3个自然居群的不同个体,并满足群体遗传研究要求。为方便无生物信息或编程背景的研究者使用,这两种策略均已整合成perl及bash脚本(https://github.com/scbgfengchao/)。此研究为非模式物种的类似研究提供了有效借鉴,新开发的分子标记将进一步促进报春苣苔属乃至苦苣苔科的相关研究。