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人们已确定的知道人体的结肠微生物区对健康有着极大的影响。自从引入益生菌和益生元的概念后,关于人体肠微生物区组成的观点产生了极大的变化。对于科学家特别是细菌学家来讲,详细研究复杂的细菌群落一直是个巨大的挑战。预期用抽样法研究肠微生物群将会更加成熟并广泛应用于此项研究。以核酸为基础的分析方法目前是研究肠微生物区系的基本工具。应用先进的分子技术,使点查和鉴定结肠细菌的种类以及族系级别成为可能。目前正在对第二代益生元的概念展开广泛研究。了解内脏生态系统的作用机制以及处于内脏生态系统中的细菌的作用机制对于益生菌和益生元将来的发展极为重要。