为了全面评价淮河闸坝与污染对淮河水生态的影响，必须首先对水生态现状有一个全局的认识。从淮河流域全局出发，通过对淮河典型河段的水生态和水环境进行现场调查与室内分析，对流域内水生态环境现状进行了综合评价。采用生物学指数与水生物指示环境结合的方法评价水体污染程度、生态系统稳定性与河流/水库的健康程度。评价结果表明：(1)颍河中下游地区与沭河中下游地区水生态系统脆弱，河流多处于病态；(2)涡河付桥闸、东孙营闸到蒙城闸段水生态系统不稳定，河流不健康，但下游河段水生态有自恢复迹象；(3)洪汝河河流多处于亚健康状态，水生态环境自修复能力较强；(4)淮干水生态环境质量的突变点在临淮岗，上游较好；(5)西部、南部山区水库水生态环境质量最好；(6)整个流域水生态质量西高东低，南高北低；优劣顺序为；西部、南部山区＞洪汝河水系＞涡河中下游地区＞颍河、沭河中下游地区。建议枯水期加大淮干以南及上游山区水库的下泻流量，保持河道畅通和一定流速，提高水体自净能力，同时控制颍河、涡河上游污染物的排放，联合调度水量与水质，淮河水生态得以修复。