针对流域重大水利工程对河口生物资源影响的三大风险(盐水入侵风险、污染加重风险、地貌条件改变风险)，运用典范对应分析法(CCA)研究整个河口水域生物分布与环境因子的相关关系，确定影响河口生物资源季节和空间变动的关键环境因子，运用GAMs模型分析河口多个物种丰度分布对关键环境因子的响应关系；采用定量化概率风险分析方法分析盐水入侵对长江河口典型物种的生态风险；借助先进的元素电子探针分析(EPMA)和电感耦合等离子质谱(ICP-MS)分析技术，获取河口鱼类早期生活史阶段的栖息生境信息以及对河口生境的利用情况。通过研究河口重要生物资源的时空格局现状及对河口生境的利用情况，阐明了重要生物资源受盐度、水温、饵料和底质环境因子变化影响在河口的空间分布和季节变动规律，为了解河口生态系统功能演变过程及对重大水利工程的响应规律和机理打下坚实基础；通过不同的代表性生物与环境的关系分析，结合重要影响因子对河口生物幼体资源的影响试验，获取了影响河口重要生物资源的关键水沙条件和污染物浓度阈值，提出河口径流条件改变下盐水入侵风险和污染风险对不同类型生物资源的潜在风险影响分析，证实了长江水文调控对春季鱼类繁殖和育幼期的风险管理中关键作用，提出通过生态调度可减少河口渔业资源影响的重要论点。