目的阐明不同种源益母草的亲缘关系和遗传多样性。方法应用ISSR分子标记进行多位点PCR扩增的技术,对来自益母草主要分布区19个种源样本进行遗传关系和遗传多样性分析。结果与分析利用不同模板对100个ISSR引物进行筛选,最终选用20个反应稳定、条带清晰、多态性高和重复性好的引物,共扩增出164个位点,平均每条引物扩增出8.2个位点,DNA片段大小在200～2800bp。其中117条带为多态性位点,平均每个引物扩增的多态带数为5.85条,多态性条带比率(PPB)为71.34%。根据扩增结果,利用软件NTsys2.10e分析出种源间的遗传相似系数在0.5121～0.9634之间,具有较为丰富的遗传多样性。通过UPMGA法聚类分析,可将9个省份的19个益母草种源分为3个类型。结论与讨论其根据ISSR标记划分的分类和益母草的地理位置和形态性状存在显著的相关性。地理位置接近的多数种源都聚成一类,其遗传相似系数也较大;从形态性状观察也可以将19个种源大致分为三大类,正与ISSR标记对益母草种质资源种源的划分是一致的。本研究较好地揭示了益母草种源间的遗传多样性与亲缘关系,可为益母草资源划分和良种选育选择提供科学依据,为进一步开展益母草新品种选育和人工栽培奠定了理论基础。