SNPs discovery by 454 transcriptome sequencing and genotyping by Tm-shift primers for Scylla paramam

来源 :第八届世界华人虾蟹养殖学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liongliong569
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  In this study, single nucleotide polymorphisms (SNPs) were screened from 454 high-throughput sequencing library oftranscriptomeof Scylla paramamosain.Putative SNPs were first identified by the comparison of multiple homogeneous sequences, and then genotyped by Tm-shift primers using StepOnePlus Real-time PCR System.A total of thirty-eight SNPs were confirmed, with five types of base substitutions including A/T transversion, G/C ransversion, A/C transversion, C/T transition and A/G transition, of which C/T was the most common variation observed.This study provided new molecular markers for genetic background and population genetic diversity research, and will be useful for construction of genetic linkage map of the mud crab Scylla paramamosain.
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