一种红树林细菌Pseudomonas sp.S9基因组草图分析

来源 :第五届青年海洋科学研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:daweihu2009
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  红树林土壤具有沼泽化、盐渍化、强酸性、有机质含量高等特征,这也造就了该生境中微生物的多样性与独特性。本研究从厦门白鹭洲红树林中分离筛选到了一株可降解SDS的产硫酸酯酶菌株Pseudomonas sp.S9。通过克隆重组表达,该硫酸酯酶具有较高的活性与较好的热稳定性,其在工业和家用废水处理方面具有巨大的应用潜力。为了进一步深入了解Pseudomonas sp.S9,我们对其全基因组进行Solexa测序,获得该菌基因组DNA总长4.8Mbp,Scaffold个数为24,Contings个数为25,数据覆盖率398×,GC%含量为56.52%。所得基因组DNA包含了56个tRNA基因,预测编码4294个基因。基因功能分析表明Pseudomonas sp.S9具有完整的TCA循环、脂肪酸的合成代谢途径等基本的代谢途径。值得注意的是,Pseudomonas sp.S9基因组DNA中包含了多个细菌耐二价重金属的基因簇,如Zn、Cu、Mn、As等。通过检测部分二价金属离子对Pseudomonas sp.S9生长的影响,发现Pseudomonas sp.S9能最大耐受Cu2+ 5mM、Ni2+ 2mM、Mn2+ 5mM。另外,Pseudomonas sp.S9还具有较完整的Benzoate降解途径,以及编码PAHs降解相关的基因,这些基因特征表明该菌存在降解Benzoate、PAHs的潜力,其在重金属污染以及有机污染的环境修复中也将有巨大的应用价值。
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