【摘 要】
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金鱼是鲫鱼的一个分支,人工选择下发生快速进化使其产生了丰富的表型变异,成为研究鱼类形态进化的优良模型。为获知金鱼的基因组大小和复杂程度,本实验对来自虎头金鱼的基因
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金鱼是鲫鱼的一个分支,人工选择下发生快速进化使其产生了丰富的表型变异,成为研究鱼类形态进化的优良模型。为获知金鱼的基因组大小和复杂程度,本实验对来自虎头金鱼的基因组DNA进行了350 bp插入片段文库测序和组装,并通过K-mer分析评估了金鱼基因组的杂合度和重复序列情况。两条泳道测序共产生了232 M读序,总测序量为69.6 Gb,测序质量正常(Q20≥90%,Q30≥85%),与NCBI核苷酸数据库(NT)比对显示样本不存在外源污染。K-mer分析(K=17)结果显示,金鱼基因组大小为1580.45 Mbp,杂合度为0.48%,重复序列占全基因组的比例为56.56%,可见金鱼基因组为简单基因组。采用K-mer=41进行基因组初步组装,共获得1819339条contig,N50为2644 bp,总长为1310.656 Mbp,进一步利用成对读序将contig进行连接、延长,组装得到1574036条scaffold,N50长为3596bp,总长1334.369 Mbp,覆盖了全基因组的84.4%。此外,生物信息学分析共筛选到1758个微卫星标记,超过75%的异育银鲫转录本(未发表)可比对到基因组上。该研究为组装金鱼基因组精细图谱,解析金鱼形态进化的遗传机制奠定了基础。
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