本研究利用ISSR分子标记技术,对湖南城步马尾松种子园的4个种源区的40个无性系的马尾松遗传多样性进行了研究。采用了10个ISSR引物扩增共获得了103个标记位点,其中有76个为多态位点,多态位点比率为73.79%。不同种源区多态位点百分率在61.17%-71.84%之间。其中武陵山地种源区的多态位点百分率最高,达71.84%,说明其种源内遗传变异水平在4个种源区中是最高的。四个种源区Shannon多样性指数平均为0.2804,Nei’s遗传多样性指数平均为0.4133,总的Shannon多样性指数为0.4139,Nei’s遗传多样性指数为0.2811。各个种源区的遗传一致度的变化范围在0.9239-0.9635之间,各群体间的基因分化系数为0.1125,基因流为3.9455。四个种源区间Nei’s遗传距离UPGMA聚类分析结果表明,遗传距离(0.0372)最小的为雪峰山地种源区与武陵山脉种源区首先聚类,雪峰、武陵山脉种源区与两广种源区依次聚类,遗传距离最大(0.0791)的是雪峰山地种源区与贵州种源区,贵州种源区在遗传距离上与其他3个种源区的聚类相距较远,这与其地理分布格局大致吻合。这也从分子方面印证了环境对基因型的选择作用。贵州的高原气候类型与湖南、广西、广东的水热丰富的亚热带湿润气候类型在促进马尾松基因型的进化过程中起到了相当重要的作用。本研究的初步结果为无性系种子园的经营和择伐提供了一定的理论依据。