在人类基因组等科学大背景下、生物芯片等新技术产生,为我们展示了证候研究新的发展前景,近五年来几乎人们同时注意到证侯基因组研究对中医科学发展的重大意义.无论专家(包括多学科)还是官方,都投入了极大的关注,希望能有新的突破,国家对中医药的基因组研究也投入了广泛的支持,然而目前证候基因组不仅没有出成果,甚至连实验论文也极其罕见,便有人产生怀疑,甚至否定.这是由于对证侯基因组研究的艰巨性、重要性、复杂性、困难性、长期性等认识不足、体会不深造成的.本文将"难其所难"(张志聪语),辨析如下五方面的艰巨性,然"天下难事,必作于易"(<道德经>),并提出对策,前瞻其发展.一、大科学视野的有限探，二、复杂的证候研究难得新"钥匙"，三、功能基因组学起步的背景，四、海量数据的数理磨合，五、费用昂贵的投资与发展前瞻。