海南山鹧鸪(Arborophila ardens)是仅分布于我国海南岛的特有鸟类,为国家Ⅰ级重点保护动物,被列入世界濒危鸟类红皮书。本研究应用DNA序列分析的方法,对海南霸王岭自然保护区和鹦哥岭自然保护区共37个海南山鹧鸪个体的样品进行分析,并对其遗传多样性水平做出初步评价。分析表明,海南山鹧鸪线粒体细胞色素b和控制区部分序列共1,350bp,其中有79个变异位点,核苷酸多样性指数(Nucleotide diversity) Pi=0.0158。37个样品中共检测出20个单倍型,其中两个主要单倍型的频率分别占到32.4％和18.9％,单倍型多样性指数(Haplotype diversity) Hd=0.869,与其它濒危鸟类相比,呈现出较高的遗传多样性水平。歧点分布分析(mismatch distribution)呈多峰态,显示历史种群处于稳定的状态。遗传多样性水平相对较高说明海南山鹧鸪数量的下降尚未危及种群的遗传和进化潜力。