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利益机制失衡是导致社会利益矛盾的根本原因，社会系统的结构、组分、功能、网络和演化等方面的复杂性，决定了社会利益关系具有复杂性，其中因果复杂性尤为突出。社会生活中存在利益博弈行为，是社会系统复杂性的基本特征，也是造成社会利益机制失衡的重要原因。利益矛盾中的社会两难问题、不公平问题等都能从利益博弈法则中得到说明。复杂性科学提供的非线性思维、整体思维、关系思维、过程思维，也都是我们认识和解决社会利益矛盾的复杂性思维。