本研究分别以黄籽亲本GH06和黑籽亲本中油821(ZY821)不同发育期的种子及种皮为材料,采用TBO组织化学染色的细胞学观察分析表明：甘蓝型油菜种皮中色素的主要累积部位是种皮栅栏层和色素层,原花色素等多酚物质黄黑籽之间存在显著差异；酚类及其衍生物的HPLC-ESI/MS2分析发现：在ZY821和GH06种皮中分别有2和13种化合物没有被检测到。参与苯丙烷和类黄酮代谢途径相关的基因qRTPCR分析结果表明：9个结构基因和3个转录因子在黄、黑籽种皮中存在极显著表达差异,编码两种催化多种酚类及类黄酮终产物提供前体物质的关键酶BnPAL和BnC4H两个基因和促进原花色素起始单体形成的重要基因Bn TT12可能是引起黄黑籽种皮差异的关键基因,BnTT4是甘蓝型油菜类黄酮代谢途径中影响下游基因表达的一个重要基因。