黑龙江省地处高纬度地区,原产于热带、亚热带地区的辣椒生长受限,急需研发适于本地的优势品种。通过对43份辣椒种质的28个形态学性状的聚类分析和SRAP分子标记分析,探索辣椒种质的遗传多样性和亲缘关系,为实际育种工作中合理的选择杂交亲本提供依据,提高育种工作精确度和效率。试验结果表明,94对SRAP引物组合中,每对引物平均扩增的清晰条带数为8.34条,其中多态性比率为13.90%,从中筛选出28对多态性丰富的引物用于SRAP分析。94份引物条带清晰,条带数多,集中于me1-me12与em1-em7组合,me1-me2与em8-em12组合。其他引物条带数少、不清晰或没有条带,这种类型的引物对集中于me3-me12与em8-em12组合。94对扩增出清晰条带的引物,可以用于遗传图谱的构建和亲缘关系分析等,28对带型清晰且多态性丰富的引物,可以用于种子纯度鉴定。根据辣椒的28个形态学性状进行聚类分析,在遗传距离系数6处可以聚为6个组群。研究发现性状数量影响形态学分类,性状数量越多,形态学分类的准确性越高。SRAP分子标记绘制亲缘关系聚类图,43份辣椒种质间的相似系数分布为0.59～0.96,在0.72的相似系数处分为6个组群。SRAP聚类与形态学聚类相似度高,29份品种分类相似,占总数(43)的67%,两种分类法都体现了这29个品种的亲缘关系近,也暗示了两种方法的分类结果是可信的,二者都可为辣椒的遗传分析及育种亲本的选择提供一定的借鉴作用。43份常见辣椒品种的遗传相似系数在0.59～0.96之间,说明其遗传基础相对较窄,为了提高育种效率,应扩大辣椒种质的来源范围,以拓展辣椒的遗传基础。