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生态水文区划是采用分区管理思路来缓解区域经济社会发展与生态环境保护之间矛盾的技术基础。采用如下的思路构建生态水文区划模型，首先运用主成分分析法提取能代表绝大部分信息的主成分指标，而后利用系统聚类方法得到研究区聚类谱系图，利用自组织特征映射人工神经网络的聚类功能进行分类，最后对比系统聚类谱系图和人工神经网络分类结果，划分合理的生态水文区。以晋江流域为实例进行生态水文区划研究，通过对比分析将研究区划为4类生态水文区，各区域特征明显。针对不同区域特征，提出了常规、加强、较为严格和最为严格4种生态环境保护策略。