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烟粉虱(Bemisia tabaci)是世界性重要的农业害虫,Mediterraean(MED)隐种和Middle East-Asia Minor1(MEAM1)隐种先后入侵我国,并在包括新疆的多个地区大暴发。烟粉虱具有寄主范围广、耐药性强及携带植物病毒等特性,对新疆地区的棉花、番茄及蔬菜等作物造成严重的威胁。本文通过明确新疆地区烟粉虱隐种和分布,同时通过SSR(Simple Sequence Repeats)分子标记手段,探索了新疆绿洲荒漠生态条件下烟粉虱的不同地理种群之间的遗传分化、传播扩散路径和遗传机制。结果表明:新疆地区的烟粉虱遗传多样性总体水平较低,FIS=-0.23027(P=1.00000),FST=0.07997(P<0.0001),说明36个种群群体间7.997%的遗传变异来自群体间,而92.003%的遗传变异是由各群体内个体间的差异引起的,Gst=0.2012、Nm=1.9856(Nm>1),群体间有一定的基因交流。烟粉虱遗传分化程度较高,主要原因为(1)不同隐种间差异:MED与MEAM1群体间存在显著性差异,FIT=-0.12190(P<0.0001),Gst(MEAM1种群)大于Gst(MED种群);Nm(MEAM1种群)小于Nm(MED种群)且Nm均>1。(2)生境类型差异:封闭环境与开放环境群体间存在显著性差异FST=0.05579(P<0.0001)、Gst(开放环境下种群)大于Gst(封闭环境下种群);Nm(封闭环境种群)大于Nm(开放环境下种群),且Nm均>1。(3)地区差异:南北疆的群体间存在显著性差异FST=0.06020(P<0.0001),Gst(南疆种群)大于Gst(北疆种群);Nm(北疆种群)大于Nm(南疆种群),且Nm均>1,南北疆的烟粉虱均有较强的基因交流。通过遗传距离制作的NJ树和Mantel test分析验证发现烟粉虱的地理纬度因素与烟粉虱的遗传距离无相关性(r=0.41535,P=1)。迁移率量化数据与关联性分析(PCoA)分析得出MEAM1与MED烟粉虱群体中多数基因交流在其种群内部发生,南疆地区MEAM1烟粉虱有可能是来源于乌鲁木齐,MED烟粉虱种群的迁移率整体较高,喀什地区内种群之间存在在互相迁移的现象,而烟粉虱在不同地区地理距离近的条件下,有一定的基因交流,其迁移率有较高的表现。