真菌在海洋生态系统的营养物质循环中发挥重要作用。然而,海洋中真菌多样性与群落结构的空间分布,特别是沿水深的垂直分布,仍然缺乏了解。太平洋海域平均水深约4k米,随深度增加,水柱中的溶解氧、温度、盐度以及营养物质均发生明显变化,为研究真菌在海洋水体中的垂直分布提供绝佳场所。我们从西太平洋海域七个站位采集不同深度(5m-5530m)海水样品,使用ITS2 rDNA宏标记方法,研究西太平洋表层至深渊层水体中真菌多样性与群落组成的垂直分布格局。共鉴定出4,028个真菌可操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),约80%隶属4个真菌门、17个已知纲、42个目和167个属,在门级水平上子囊菌门真菌在数量上占绝对优势,其次是担子菌门、壶菌门和毛霉门;另有约20%的真菌OTUs无法鉴定到已知的任何真菌门类中,表明可能存在高阶新真菌分类单元。统计分析结果显示:(1)与深海区水体相比,表层水体真菌多样性较高,OTU数量最多;(2)对于整个水层,深度是影响真菌的α-和β-多样性的一个关键参数;(3)进一步将数据集划分为上层(5-500米)和深层(500米以深)时,我们发现深度与群落组成之间无显著的相关性;(4)在上层水体中,温度、溶解氧和盐度是影响真菌α-和β-多样性的主要环境因素。通过将真菌OTUs解析为生态类型后,发现腐生型营养模式的真菌数量随着深度增加而显著减少,而多营养模式的真菌数量显著增加。这种真菌营养模式随水深的变化,显示了真菌对深海环境的一种生态适应性。本研究对于认识海洋真菌在深海环境中的多样性分布、群落组成以及可能的生态功能具有重要意义。