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针对区域水资源优化配置模型的多目标特点，在分析水资源系统构成及其特点的基础上，提出总体优化的量子多目标优化求解方法，以目标总体协调度来控制各单项目标之间的协调平衡。算法构造中，对连续变量离散化采用量子编码，构建个体适应度评价函数，将进化算法与量子计算相结合，并进行了基于改进量子多目标算法在水资源优化配置中的实际应用。实例表明该方法能够体现目标间的制约与协调和决策者的实际愿望，结果更为客观，更便于实际应用操作，是解决水资源优化配置多目标的有效途径。