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蛋白质相互作用关系抽取是蛋白质知识网络构建的必要前提，对生物医学领域的研究具有十分重要的意义。本文使用了基于SVM的方法，从生物医学文献中抽取蛋白质相互作用的有向关系。首先针对蛋白质关系的特点，抽取了几组合理有效的特征集合，并根据句法分析的结果设计了依存句法特征集合，有效地改善了蛋白质关系抽取的效果。在此基础上，围绕蛋白质相互作用的关联词抽取特征，判断了蛋白质相互作用的方向，为蛋白质知识网和生物实体关系网的构建提供了更为充分的信息。本文在LLL05语料上进行了实验，取得了较好的效果。实验结果表明，依存句法特征集合对关系抽取具有重要影响;围绕关联词抽取的特征集合对关系判断是十分有效的。最后，本文分析了不同特征对实验结果的影响，明确了下一步的研究方向。