【摘 要】
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目的：预测与分析人巨细胞病毒(HCMV)临床病毒株UL136基因B细胞表位.方法：应用生物信息学方法,以HCMVUL136基因氨基酸序列为基础,采用改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnie
【机 构】
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广东省儿童医院·广东省妇幼保健院儿科广州511442
【出 处】
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广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会
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目的：预测与分析人巨细胞病毒(HCMV)临床病毒株UL136基因B细胞表位.方法：应用生物信息学方法,以HCMVUL136基因氨基酸序列为基础,采用改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR),人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构,结合跨膜结构、Hopp&Woods亲水性方案、Emini可及性方案、Jameson-Wolf抗原性方案等参数综合预测UL136基因B细胞表位.结果：HCMV pUL136氨基酸包含240个氨基酸残基,相对分子质量约为27.3kD,等电点为7.54-8.51,应用SOPMA、GOR、HNN方案预测pUL136二级结构,均显示以α一螺旋为主,无规则卷及β一转角区域多位于6-18、38-61、108-113、129-139、141-143、147-161、163-182、189-203.TMHMM预测pUL136存在一个跨膜区域,为65-87位氨基酸,胞外区域为88-240位氨基酸.结论：HCMV UL136基因196-202,128-144,110-116位氨基酸序列区域内或其附近主要以无规则卷或β一转角结构为主,且抗原指数(AI)较高,极有可能是B细胞表位.
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